Für den Gamecube sind insgesamt 2 Versionen herausgekommen. Einmal die Collectors Edition, die zusätzlich auch noch Majoras Mask und die ersten beiden Zeldas enthielt und die Bonus Disc zu der Special Edition von The Wind Waker, die außerdem Ocarina Of Time - Masterquest, eine Version des Spieles, in der die Dungeons schwerer sind, enthält.
Es gibt kaum Veränderungen in den Versionen. Das Geräusch, dass BongoBongo in seiner nicht festen Form macht, wurde herausgenommen und die Gestallt wurde zusätzlich ein wenig verändert. Außerdem sind die Farben ein weniger klarer und flüssiger.

Die Version für die Virtual Console auf der Wii ist die gleiche, wie die für den Gamecube.

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