Da der Titel gut einhundert Jahre nach Phantom Hourglass spielt, handelt es sich um eine Reinkarnation des Links welcher mit Linebeck Tetra aus den Fängen des Geisterschiffs rettete.
Diesesmal beginnt Link sein Abenteuer als bescheidener Lokomotivführer-Lehrling, der von Meister Ferro, einem königlichen Triebfahrzeugführer und ehemaligem Schwertmeister der königlichen Armee, ausgebildet wurde. Nun soll er sein Abschlusszeugnis von Prinzessin Zelda höchstpersönlich überreicht bekommen. Also machen sich Link und Ferro auf den Weg in das Schloß Hyrule.
Als Link vor Zelda kniet, überreicht ihm diese jedoch nicht nur seine Auszeichnung, sondern auch eine geheime Botschaft. Sie bittet Link sich mit ihr zu treffen, da sie etwas Wichtiges mit ihm zu besprechen habe.

Wie auch bei Link handelt es sich bei Zelda um eine Nachfahrin ihrer gleichnamigen Protagonistin aus Phantom Hourglass. Als Monarchin hat sie die Fäden von Hyrule in der Hand - zumindest fast. Denn ihr Minister von Glaiss hält sie, zu ihrer eigenen Sicherheit, quasi im Schloss gefangen. Darum bittet Zelda auch per geheimer Botschaft Link sich mit ihr zu treffen, da sie sich Gedanken über das mysteriöse Verschwinden der Schienen der Götter gemacht hat und zu dem Schluss gekommen ist, dass Glaiss etwas damit zu tun haben muss. Im späteren Spielverlauf verliert sie jedoch ihren Körper und kann Link nur noch in ihrer Geisterform beistehen. Diese erweist sich jedoch schon bald als äußerst vorteilhaft.

Diese etwas ältere Frau gehört zu dem Volk der Lokomo, welches quer über ganz Hyrule verstreut lebt.
Es heißt, sie wäre so alt wie die Berge und ihre Weisheit soll unerschöpflich sein. Darum ist es auch Shienes Aufgabe den Turm, in dem die Schienen der Götter aufeinandertreffen, zu hüten.
Als Weise der Lokomo unternimmt sie alles in ihrer Macht stehende, um die Befreiung des Dämonenkönigs zu verhindern.
Deshalb stellt sie Link auch den Zug der Götter zur Verfügung und weist Prinzessin Zelda an mit ihm zu gehen und ihm während seines Abenteuers beizustehen.
Shiene steht den Helden stets mit Rat zur Seite, zögert aber auch nicht um in das Geschehen einzugreifen. Sie ist die wichtigste Verbündete von Link und Zelda.

Das Land, welches heute Hyrule genannt wird, unterlag einst der Tyrannei des Dämonenkönigs. Doch er wurde besiegt und tief unter die Erde verbannt. Damit er nie wieder Zerstörung und Verwüstung über das Land bringen könnte, wurde das Siegel mit vier dicken Eisenketten, welche quer über das ganze Land gespannt wurden, versärkt.
Im Laufe der Zeit fingen die Bewohner Hyrules an, diese Ketten als Schienen der Götter zum Transport zu nutzen. Als die Geschichte von Spirit Tracks einsetzt, verschwinden auf ungeklärte Art und Weise der Reihe nach die Schienen und somit auch die Ketten, welche den Dämonenkönig gefangen halten.

Bei dieser an einen Kobold erinnernden Gestalt handelt es sich um einen von Prinzessin Zeldas Ministern.
Er gibt zwar vor, nur ihr Bestes im Sinne zu haben, steckt aber in Wahrheit hinter dem Verschwinden der Schienen der Götter.
Unter seinen beiden Hüten hält er Dämonenhörner verborgen.
Sein sehnlichster Wunsch ist die Befreiung des Dämonenkönigs. Dazu benötigt er aber Zeldas Körper, welchen er im Spielverlauf mit Gewalt an sich nimmt. Dabei setzt er ihren Geist frei, der sich gemeinsam mit Link auf den Weg macht um Glaiss aufzuhalten.



Niko ist der Großvater von Link und er erzählt zu Beginn des Spiels die Geschichte Hyrules. Bei Niko handelt es sich höchstwahrscheinlich um den gleichen Niko, den man schon aus The Wind Waker und Phantom Hourglass kennt. Er besitzt die gleichen Augen und den Hasenzahn und trägt das blaue Kopftuch, das für Niko in früheren Teilen charakteristisch war, in der Hosentasche. Außerdem hängt im Hintergrund seines Zimmers ein Bild, das dem Bild des jungen Niko gleicht. Auch anhand einer anderen Rolle im Spiel (wird hier nicht verraten), die eindeutig definiert ist, würde er zeitlich gesehen in die Rolle des alten Niko passen. Laut eigener Aussage hat er damals das ganze Land bereist.

Die mächtige eiserne Kralle ist das Markenzeichen des Kumpanens von Zeldas Minister. Delok versucht zusammen mit von Glaiss den Dämonenkönig zu befreien. Für dieses Ziel schreckt er vor nichts zurück.
Interessanterweise ist Delok kein Dämon, sondern hat sich mit den bösen Mächten verschworen, da ihn die Guten nicht zufrieden stellen konnten.
Aber was erwartet er sich von der Befreiung des Dämonenkönigs?
Was sind seine finsteren Absichten?
Neben diesen Fragen ist zumindest eines klar, Delok ist kein leichter Gegner für Zelda und Link sie sollten ihn bloß nicht unterschätzen.

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